При бинарном обновлении FreeBSD командами:
# freebsd-update fetch
# freebsd-update install
Получаем ошибку: /usr/src/lib/libc/gen/libc_dlopen.co: no such file or directory
Проблема решается просто:
Надо создать несуществующую директорию, чтобы система докачала недостающие файлы:
mkdir -p /usr/src/lib/libc/gen
и опять повторяем процедуру обновления:
# freebsd-update fetch
# freebsd-update install
Теперь осталось только перегрузится командой reboot.
Система обновлена.